CIR 2025 : Tout savoir sur les nouvelles modalités

La loi de finances 2025, entrée en vigueur le 15 février 2025, introduit plusieurs mesures qui recentrent le CIR 2025 sur un périmètre de dépenses aligné avec les recommandations du manuel de Frascati. Ces évolutions modifient concrètement les règles du jeu pour les entreprises investissant en R&D et imposent une adaptation immédiate des pratiques de déclaration. Tour d’horizon des changements à anticiper et des bonnes pratiques à adopter pour déclarer votre Crédit d’Impôt Recherche en 2025 en confirmé avec ces nouvelles règles. 

Rappel : qu’est-ce que le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et comment fonctionne-t-il ? 

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal public destiné à encourager les entreprises françaises à investir dans la recherche et le développement. Il permet aux entreprises porteuses d’activités de R&D de financer jusqu’à 30 % de leurs dépenses en R&D, sous réserve de qualifier ces dépenses et de justifier le caractère R&D des travaux réalisés.  

Pour justifier relever de R&D au sens du CIR, les travaux doivent répondre aux 5 critères du manuel de Frascati, c’est-à-dire : 

• viser à apporter des contributions à l’état de l’art (critère de Nouveauté),  
• en levant des incertitudes scientifiques (critère d’Incertitude),  
• selon une démarche originale (critère d’Originalité) 
• en consignant les travaux menés (critère de Transférabilité/Reproductibilité), 
• en planifiant et traçant les ressources -cout + utilisation- humaines, matérielles et externes associées (critère de Systématisation)

Ce cadre méthodologique, reconnu au niveau international, constitue la référence pour justifier l’éligibilité des projets et dépenses associées auprès de l’administration fiscale. 

Le mécanisme repose sur la déclaration des dépenses éligibles — dépenses de personnel, amortissements d’équipements, dépenses de sous-traitance confiées à des organismes agréés au titre du CIR/CII, et frais de fonctionnement associés — qui viennent en déduction de l’impôt sur les sociétés dû par l’entreprise. Lorsque le crédit d’impôt excède l’impôt dû, l’entreprise bénéficie d’un remboursement de la créance fiscale, immédiat pour les PME, JEI et entreprises en procédures collectives, différé de trois ans pour les autres catégories d’entreprises. 

Le CIR constitue ainsi l’un des leviers les plus puissants de la politique d’innovation en France, complémentaire des aides publiques distribuées par des opérateurs comme l’ADEME, Bpifrance ou les régions. C’est un avantage fiscal ouvert à toutes les entreprises soumises à l’impôt sur les sociétés ou à l’impôt sur le revenui, quelle que soit leur taille ou leur secteur d’activité. 

CIR 2025 : quelles évolutions à connaître pour se conformer à l’administration fiscale ? 

La réforme introduite par la loi de finances 2025 est majeure : elle crée une année à deux régimes, chacun soumis à des règles différentes que l’administration fiscale appliquera strictement lors de ses contrôles. 

Du 1er janvier au 14 février 2025 : application des anciennes règles du CIR, avec les taux et périmètres de dépenses antérieurs à la réforme. 

Du 15 février au 31 décembre 2025 : application des nouvelles règles du CIR 2025, qui modifient substantiellement le périmètre des dépenses éligibles. 

Les principales modifications introduites qui entrent en vigueur à partir du 15 février 2025 sont les suivantes : 

• Fin du statut Jeune docteur, qui permettait une valorisation au CIR doublée des frais de personnel jeunes docteurs. Ce doublement n’est plus applicable aux dépenses enregistrées comptablement à partir du 15 février 2025. 
• Réduction du taux de frais de fonctionnement de 43 % à 40 %, ce qui réduit mécaniquement l’assiette forfaitaire applicable aux dépenses de personnel. 
• Exclusion des dépenses liées aux brevets (dépôt, maintien, défense, amortissement, COV), qui ne sont plus éligibles au CIR à partir du 15 février 2025. 
• Suppression des dépenses de veille technologique, plafonnées à 60 000 € auparavant, désormais exclues du périmètre.

Par ailleurs, le Guide du CIR 2025 publié par le MESRE apporte des précisions importantes sur l’éligibilité des projets informatiques, souvent sources d’ambiguïté face à l’administration.

Il rappelle notamment que nouveauté logicielle ne vaut pas nécessairement R&D, la quotité de temps de travail consacré au projet ne suffit pas à justifier l’éligibilité, et l’acquisition de compétences ne constitue pas une création de connaissances au sens du dispositif. Ces clarifications ont force de référence pour l’administration et les experts qui analysent le dossier présenté.  

Enfin, pour les PME au sens communautaire, le Crédit d’Impôt Innovation (CII) est prolongé jusqu’en 2027, mais avec un taux ramené de 30 % à 20 % pour les dépenses d’innovation engagées à compter du 1 janvier 2025.  

Quels impacts pour les entreprises en 2025 ? 

Les évolutions du CIR 2025 n’affectent pas toutes les entreprises de la même manière. Il convient d’évaluer précisément leur impact selon le profil de chaque structure. 

Startups, deeptech et laboratoires privés

ls sont fortement pénalisés par la suppression du statut Jeune docteur et des dépenses de brevet. Ces structures misent précisément sur des profils scientifiques pointus pour mener des projets de R&D exigeants, dont la valorisation permettait de maximiser l’assiette du CIR.

La perte de ce doublement de masse salariale représente un manque à gagner considérable sur le montant du crédit d’impôt et, par ricochet, sur le remboursement de créance pouvant être obtenu. 

PME industrielles et ETI technologiques

Elles subissent également un impact significatif. La suppression des dépenses de veille technologique et de brevets, combinée à la baisse du taux de frais de fonctionnement, réduit leur assiette de dépenses éligibles et capacité à réinvestir dans la R&D. Ces ajustements affectent directement le montant du crédit d’impôt auquel elles ont peuvent prétendre. 

Sociétés de services

Globalement moins affectées par les nouvelles règles du CIR 2025, elles restent néanmoins concernées par la rigueur accrue attendue par l’administration dans la qualification des projets et la documentation des travaux. 

Dans tous les cas, la réforme impose une gestion rigoureuse de la limite chronologique du 15 février 2025 : les dépenses engagées avant et après cette date doivent être tracées séparément pour appliquer les bons taux de valorisation.

Le suivi des temps devient un enjeu central : il est indispensable de distinguer clairement les profils concernés, notamment les jeunes docteurs, et de documenter avec précision le temps passé par chaque collaborateur sur les projets de recherche selon la période concernée. 

Comment maximiser son CIR et CII grâce à des prestataires agréés ? 

L’intégration des dépenses de sous-traitance dans l’assiette du CIR 2025 obéit à des règles précises : seules les prestations réalisées par des organismes agréés peuvent ouvrir droit au crédit d’impôt.

Conformément à l’article 244 quater B, II-d bis du Code général des impôts, les dépenses de recherche sous-traitées ne peuvent être prises en compte dans le calcul du CIR que si elles sont confiées à des prestataires disposant d’un agrément délivré par le ministère chargé de la Recherche. 

Sans cet agrément, les montants facturés, même pour des travaux de recherche avérés, sont exclus du calcul du crédit d’impôt par l’administration fiscale. Il est donc impératif de vérifier systématiquement le statut des sous-traitants R&D avant d’engager des dépenses. 

L’agrément CIR ouvert à une grande diversité de structures

Organismes privés (SAS, SARL, SA, associations exerçant une activité commerciale, GIP), organismes de recherche publics, universités, centres techniques, et plus largement tout organisme justifiant des compétences scientifiques nécessaires et moyens ad hoc. Pour le prestataire, l’obtention de l’agrément constitue un avantage concurrentiel permettant de proposer des prestations plus attractives aux entreprises clientes qui souhaitent optimiser leur fiscalité. 

Réaliser les démarches d’agrément

Les démarches d’agrément sont réalisées via le service en ligne CIROCO du ministère chargé de la Recherche, selon les calendriers suivants, précisés par Décret1 : 

• Première demande : Jusqu’au 31 mars de la première année demandée 
• Renouvellement : Avant la fin de l’année d’expiration de l’agrément

Pour maximiser le CIR 2025 et le CII, les entreprises doivent donc combiner deux leviers : d’une part, optimiser leurs dépenses internes en s’assurant de leur correcte qualification selon les nouvelles règles ; d’autre part, sélectionner rigoureusement leurs sous-traitants en vérifiant leur statut d’organismes agréés auprès de l’administration. 

Bonnes pratiques pour sécuriser et défendre son CIR face à l’administration 

Face à un CIR 2025 encadré par des règles plus strictes et à une administration fiscale qui dispose de moyens de contrôle renforcés, la sécurisation du dossier est un impératif. Voici les bonnes pratiques à adopter. 

Mettre en place un suivi des temps précis et structuré 

La réforme crée une année à deux régimes : la traçabilité des dépenses par période et par profil de collaborateur est indispensable pour justifier les taux de valorisation appliqués.

Des outils de pilotage adaptés, comme Lucca, après paramétrage ou Laboxy, prêt à l’emploi, permettent de fiabiliser la collecte et l’analyse des données de temps. 

Mettre en place un suivi des projets et contributions 

L’augmentation significative du niveau attendu en matière de justification et surtout de traçabilité des projets et des contributions du personnel dédié, implique la mise en place d’outil de suivi et planification de projet et ressources associées. L’enjeu ? Justifier de la véracité de l’information valorisée.  

Constituer un dossier justificatif scientifique rigoureux 

Le dossier CIR comporte deux volets indissociables : une partie technique décrivant les travaux de R&D et démontrant les incertitudes scientifiques ou technologiques levées, et une partie financière détaillant les dépenses déclarées.

La partie technique requiert une rédaction par des profils d’ingénieurs ou de docteurs, conformément à la trame édictée par le MESRE. 

Recourir au rescrit CIR pour sécuriser l’éligibilité en amont 

Le rescrit fiscal est une procédure officielle permettant à une entreprise d’interroger l’administration sur l’application du droit fiscal à une situation précise. Le rescrit CIR permet de valider l’éligibilité d’un projet de R&D avant même sa déclaration.

Une réponse favorable engage l’administration, qui ne peut revenir sur sa position sauf changement important dans l’orientation des travaux ou la réalité des travaux menés vs ceux décrits dans le rescrit. Cette démarche est particulièrement utile pour les organismes confrontés à des incertitudes sur la qualification de leurs projets. 

À noter  

Les PME peuvent demander à l’administration fiscale de valider un montant minimum de leur futur CIR pour l’année en cours, en fonction de l’état d’avancement de leurs travaux et des dépenses déjà engagées. La demande de rescrit doit porter sur un unique projet et être déposée, pour les projets pluriannuels, au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale associée. 

Anticiper les contrôles de l’administration 

L’administration fiscale peut mener des contrôles à la fois sur les aspects financiers (montant des dépenses déclarées, calcul du remboursement) et sur les aspects scientifiques (nature des travaux, respect des critères du manuel de Frascati) de la créance déclarée, mais aussi sur son utilisation (une demande de remboursement de CIR/CII induisant une demande d’information de l’administration dans plus de 50% des cas).

Il est donc essentiel de préparer eu fur et à mesure des projets puis de conserver l’ensemble des justificatifs techniques et financiers.  

L’accompagnement EPSA pour vos crédits d’impôt et subventions 

Leader dans l’obtention d’aides liées aux grands programmes de financement public (France Relance, France 2030, PIA IV), EPSA Innovation & Energy accompagne les entreprises dans la gestion complète de leur CIR, du cadrage jusqu’à la défense face à l’administration. Les chiffres clés de l’expertise EPSA : 

• 200 dossiers « France Relance » déposés depuis juillet 2020, avec plus de 160 lauréats financés 
• 50 dossiers « France 2030 » déposés depuis octobre 2022 
• 1 000 clients actifs (ETI, CAC40, SBF 120…) dont 600 nouvelles entreprises accompagnées chaque année 
• 100 M€ de financements directs obtenus en 2022, crédits d’impôt et subventions combinés

La mission CIR proposée par EPSA se décompose en plusieurs étapes structurées : 

1. Réunion de lancement : définition du calendrier et de la stratégie selon les besoins de l’entreprise, prise de connaissance de l’historique CIR 
2. Analyses techniques : interviews des équipes projets, croisement avec les données financières pour constituer une assiette de dépenses exhaustive 
3. Calcul du montant du CIR : modélisation des scénarii de montant selon les nouvelles règles du CIR 2025 et recommandations de gestion des risques 
4. Sécurisation du dossier : collecte des justificatifs techniques, administratifs et financiers, rédaction des dossiers justificatifs scientifiques par des consultants docteurs ou ingénieurs, chiffrage du périmètre R&D validé par le client,  
5. Réunion de clôture : bilan de mission, pistes d’optimisation et de structuration du process pour l’année suivante 
6. Accompagnement en cas de contrôle de l’administration fiscale ou du MESRI

EPSA accompagne également ses clients dans la procédure de rescrit CIR en combinant expertise scientifique, financière et administrative, ainsi que dans l’accès aux aides et subventions publiques complémentaires (ADEME, Bpifrance, régions) pour maximiser le financement global de l’innovation. 

Demander un audit gratuit de votre éligibilité CIR 2025