PME et remboursement du crédit d’impôt recherche : une nouvelle souplesse confirmée par le Conseil d’État

En coopération avec ses avocats partenaires, EPSA Innovation se tient informé des évolutions législatives et jurisprudentielles susceptibles d’avoir un impact sur son activité et celle de ses clients. Ces évolutions font l’objet d’une analyse approfondie par EPSA Innovation et ses avocats partenaires.

Article rédigé par Marin Mourgue, juriste fiscaliste chez EPSA.

Une décision récente du Conseil d’État confirme l’évolution du régime de remboursement du CIR : les PME disposent d’une liberté de choix dans la gestion de leurs créances.

Le cadre général : imputation du CIR et remboursement

Le I de l’article 199 ter B du CGI prévoit que le CIR s’impute d’abord sur l’impôt sur les bénéfices dû au titre de l’année de réalisation des dépenses.

L’excédent constitue une créance sur l’État, reportable sur l’impôt sur les bénéfices dû au titre des trois exercices suivants, avant de pouvoir être remboursé.

Ce mécanisme constitue le régime de droit commun.

Cependant, toutes les sociétés ne sont pas soumises à ce temps d’imputation pluriannuel : les petites et moyennes entreprises (PME) au sens communautaire disposent de la faculté de demander le remboursement immédiat de leur créance de CIR.

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Le remboursement immédiat : un avantage réservé notamment aux PME

Certaines entreprises bénéficient toutefois d’un régime accéléré : les PME au sens communautaire peuvent demander le remboursement immédiat de leur créance, sans attendre la fin de la période d’imputation quadriennale.

Pour être qualifiée de PME, une entreprise doit respecter deux critères cumulatifs (Annexe I du RGEC) :

• un effectif inférieur à 250 salariés,
• un chiffre d’affaires ≤ 50 M€ ou un total de bilan ≤ 43 M€.

Ce remboursement immédiat doit être demandé dans les délais de la réclamation contentieuse, tels que précisés par l’arrêt du Conseil d’Etat du 8 novembre 2010, « Société ICBT Madinox ».

Récemment, la jurisprudence a considéré que les PME n’avaient pas l’obligation de faire usage de ce droit au remboursement immédiat mais qu’une alternative s’offrait à elles.

Une alternative au remboursement immédiat consacrée par la jurisprudence

C’est la nouveauté de la jurisprudence récente.

Dans l’arrêt Institut Coopératif du Vin (CAA de TOULOUSE, 1ère chambre, 05/06/2025, n°23TL02231), confirmé par le Conseil d’État le 2 juin 2026 (Conseil d’État, 8ème – 3ème chambres réunies, 02/06/2026, 506731) les juges ont admis que le remboursement immédiat ne s’impose pas aux PME.

Elles peuvent choisir de rester dans le régime de droit commun et d’imputer leur créance sur les trois exercices suivants, avant d’en demander le remboursement.

Pourquoi cette solution ?

La position du juge repose notamment sur deux arguments :

• Le texte n’interdit pas expressément aux PME de s’inscrire dans le droit commun,
• Par sécurité juridique : sans cette solution, le risque est qu’une PME puisse se voir opposer la tardiveté de sa réclamation alors même qu’ayant fait le choix d’une imputation dans les conditions de droit commun, elle aurait été induite en erreur sur le délai de réclamation. Or, ce régime du remboursement immédiat a été conçu comme une incitation supplémentaire pour les PME à investir dans la recherche. Retenir une interprétation qui le rendrait obligatoire serait contraire à l’intention du législateur.

Cette solution offre aux PME une souplesse nouvelle dans la gestion de leur CIR :

• Flexibilité de trésorerie: remboursement immédiat en cas de besoin de liquidités
• Souplesse fiscale : imputation sur trois exercices pour lisser l’impôt et réduire la charge fiscale future

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