Guide du CIR 2025 : Décryptage des nouveautés pour sécuriser votre Crédit d’Impôt Recherche

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) demeure en 2025 un pilier du financement de l’innovation en France. Chaque année, le Guide du CIR publié par le MESR apporte des précisions essentielles pour sécuriser vos déclarations. L’édition 2025 ne fait pas exception : elle intègre les modifications instaurées par la Loi de finances 2025, clarifie les démarches en R&D informatique et renforce l’appréciation du caractère « nécessaire et indispensable » des travaux par le MESR.

Dans cet article, nous vous proposons un décryptage des nouveautés du Guide du CIR.

Faites vous accompagner sur votre déclaration CIR en 2025

Intégration des modifications de la loi de finances 2025

Les principales évolutions de CIR apportées par la loi de finances

La loi de finances 2025 réduit le périmètre des dépenses éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR), impactant directement les entreprises. Les principales mesures sont :

• Réduction des frais de fonctionnement : Le taux forfaitaire appliqué aux dépenses de personnel passe de 43 % à 40 %.
• Fin du dispositif « Jeune docteur » : Le doublement des dépenses de personnel pour les jeunes docteurs est supprimé.
• Exclusion des dépenses de veille technologique : Les coûts liés à la veille technologique, auparavant plafonnés à 60 000 € par an, ne sont plus pris en compte.
• Suppression des dépenses liées aux brevets : Les frais de dépôt, de maintien, de défense et les amortissements des brevets, ainsi que des Certificats d’Obtention Végétale (COV), sont désormais exclus.

Ces dispositions s’appliquent à compter du 15 février 2025 sans être rétroactives. Cela implique donc 2 modalités de valorisation des dépenses pour un même CIR :

• Du 01/01/2025 au 14/02/2025 : Les dépenses éligibles au CIR seront valorisées selon les modalités en vigueur avant la promulgation de la loi de finances 2025.
• Du 14/02/2025 au 31/12/2025 : Les dépenses éligibles au CIR seront valorisées selon les nouvelles modalités introduites par la loi de finances 2025.

Prorogation du Crédit Impôt Innovation

Pour les PME au sens communautaire, le CII est prolongé jusqu’en 2027, avec un taux à 20 %. Ce dispositif reste complémentaire au CIR pour les projets de conception de prototypes ou installations pilotes.

Reformulation des démarches de R&D en informatique

Les projets informatiques ont longtemps suscité des interrogations quant à leur éligibilité au CIR. Le Guide du CIR 2025 clarifie les critères pour éviter les ambiguïtés.

Comme dans tout autre domaine, les travaux de recherche et développement (R&D) en informatique doivent répondre à des critères stricts pour être éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR). Ils doivent partir d’une problématique clairement identifiée, pour laquelle aucune solution évidente n’existe dans l’état de l’art. L’objectif est de lever des incertitudes scientifiques ou techniques par une démarche rigoureuse et documentée.

Une approche scientifique indispensable

Le Guide CIR 2025 insiste sur la nécessité d’une démarche expérimentale structurée, comprenant :

• La description des hypothèses formulées,
• Les étapes de développement,
• Les méthodes d’évaluation,
• Les données collectées,
• L’analyse des résultats et les conclusions.

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Les 4 catégories d’opérations R&D en informatique

Le Guide CIR 2025 définit quatre types d’opérations généralement rencontrées dans les projets informatiques éligibles :

• Création ou amélioration d’une méthode, d’un algorithme ou d’un protocole

Objectif : produire un élément technique nouveau, seul ou en complément d’un système existant.

• Formalisation ou adaptation d’une méthodologie originale

Objectif : créer ou adapter un processus global (développement, test, déploiement, validation).

• Application innovante de concepts scientifiques récents ou émergents

Objectifs : Réaliser la mise en œuvre expérimentale de concepts récents à la pointe de l’état de l’art (IA, calcul quantique, cryptographie avancée…) dans un contexte inédit ou contraint, accompagnée d’une validation rigoureuse démontrant un gain ou une avancée significative par rapport aux approches existantes.

• Mise en place d’expérimentations ou de prototypes

Objectif : tester et mesurer des avancées scientifiques ou techniques.

Pour chaque catégorie, il est essentiel de fournir une justification détaillée des verrous scientifiques et techniques, de préciser l’objectif scientifique visé, de mettre en évidence la nouveauté technique ou méthodologique apportée, ainsi que de décrire les protocoles expérimentaux et les validations effectuées. Ces éléments permettront de démontrer clairement la dimension R&D de l’opération.

Les points de vigilance à retenir

Le Guide CIR 2025 rappelle également plusieurs principes clés :

• Nouveauté ≠ R&D : tout logiciel est unique, mais seule la production de connaissances scientifiques ou techniques nouvelles est éligible.
• Complexité ≠ R&D : un projet complexe n’est pas forcément éligible ; il faut démontrer la résolution d’une problématique scientifique ou technique forte à l’aide d’un raisonnement original et générique.
• Acquisition de compétences ≠ création de connaissances : le CIR finance la création de savoirs, pas la formation aux outils.
• Prototypage : un prototype doit servir à valider des concepts de R&D, pas seulement à démontrer une fonctionnalité.
• Méthodologies et cycles de développement : La conception ou l’adaptation de méthodologies de développement logiciel peut être éligible, à condition de clairement expliciter la démarche de R&D sous-jacente. Par exemple, l’adoption de méthodes Agile ou la correction de défauts ne suffisent pas à justifier une démarche R&D.

Appréciation du caractère “nécessaire et indispensable” par le MESR

Le Guide CIR 2025, en cohérence avec le Bulletin Officiel des Finances Publiques (BOFiP), précise que dès lors qu’une opération est qualifiée de R&D, l’ensemble des travaux scientifiques et techniques indispensables à sa réalisation est considéré comme éligible au CIR. Cela inclut des activités qui, prises isolément, ne constitueraient pas de la R&D, mais qui sont essentielles pour atteindre l’objectif scientifique ou technique du projet.

Une activité est jugée indispensable si elle participe à la création de connaissances et est réalisée par des personnels de recherche qualifiés. Pour être reconnue comme telle, elle doit remplir quatre conditions cumulatives :

1. Lien avec une opération R&D éligible : l’activité doit s’inscrire dans le cadre d’une opération répondant aux critères de la R&D;
2. Relation directe avec l’objet de la recherche : elle doit contribuer directement à l’objectif scientifique ou technique poursuivi.
3. Qualification des intervenants : elle doit être réalisée par des personnes ou équipes disposant des compétences nécessaires pour comprendre et mener l’opération.
4. Résultat inédit : le résultat ne doit pas exister ailleurs ni être accessible

Les précisions apportées par le Guide du CIR 2025 exigent une vigilance accrue dans la qualification des projets et la documentation des travaux scientifiques et techniques.
Anticiper ces changements dès maintenant, c’est garantir la conformité de vos déclarations et optimiser votre financement de l’innovation.