Financer vos projets innovants dans le secteur des biotechnologies microbiennes

La recherche dans les biotechnologies microbiennes

Bien que le terme « microbien » évoque souvent spontanément des notions de pathologie ou de contamination, la réalité dans le monde de la recherche, qu’elle soit publique ou privée, est toute autre : les microorganismes jouent un rôle central dans de nombreuses innovations technologiques, grâce à leur extraordinaire capacité à transformer la matière.

Seule une part infime de microorganismes est actuellement connu, en raison de la difficulté à les cultiver in vitro, condition indispensable à leur étude approfondie. Cette contrainte limite la découverte de nouvelles souches d’intérêt, en particulier celles présentant des adaptations spécifiques à des environnements extrêmes. En effet, le simple prélèvement et le transport des échantillons détruit une grande partie des souches présentes — qu’il s’agisse de bactéries, levures, microalgues ou virus — compromettant ainsi leur isolement et leur valorisation.

L’intérêt de ces microorganismes en biotechnologie réside dans leurs capacités extraordinaires à transformer des matières premières en des produits uniques. Cultivées sous certaines conditions, ils deviennent de véritables mini-réacteurs capables de remplacer des procédés industriels complexes, toxiques ou énergivores.

La compréhension du ou des métabolismes en jeu dans ses espèces est un enjeu de recherche en soi. L’optimisation des cultures pour une exploitation dans des procédés à grande échelle révèle par la suite de nombreuses incertitudes en raison de la complexité de ces systèmes, à la fois très avancés mais aussi sensibles aux perturbations. Les faibles rendements, difficiles à améliorer, nécessitent alors de longues phases expérimentales caractéristiques des projets de R&D ou d’innovation.

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Les applications possibles des procédés microbiens industriels

Ces capacités, que l’on cherche à optimiser dans des processus industriels sont utiles dans des secteurs variés telles que l’agroalimentaire, la cleantech, la pharmaceutique.

Dans les applications environnementales, ils peuvent permettre de dégrader des déchets et les transformer parfois en nouvelles ressources (effluents toxiques, déchets organiques industriels ou ménagers, déchets plastiques et inorganiques). Un exemple connu sont les microorganismes méthanogènes capables de transformer des déchets organiques en biogaz combustible. Un autre exemple fascinant est celui des bactéries électro-actives qui s’interfacent sur des électrodes et peuvent être exploitées pour réduire la pollution d’eaux usées et produire de l’électricité.

Dans les applications agroalimentaires, les microorganismes sont typiquement impliqués dans les procédés de fermentation, et indispensables de la fabrication de fromages, vin ou bières. Bien que ces procédés soient exploités depuis l’Antiquité, les axes de recherche sont toujours actifs, notamment pour étudier leur capacité à produire des saveurs particulières ou des métabolites intéressants pour la santé.

De manière plus large, les souches microbiennes peuvent être exploitées en tant qu’alternatives à la chimie lourde, que ce soit :

• En pharmaceutique, pour la production d’acides aminés, de protéines, d’antibiotiques.
• En chimie verte pour la production de bioplastiques, résines, biostimulants agricoles, acides, alcool, biocarburants

Des opportunités de créations d’entreprises et de contribution à l’innovation et la recherche en France, soutenues par des aides d’Etat.

Ces organismes peuvent ainsi se retrouver au cœur des projets de Recherche et Développement de toutes nouvelles structures, telle que des startups parfois issues du monde académique, que d’ETI ou grands groupes historiques, qui démarrent des axes d’innovation majeurs vers des procédés plus respectueux de l’environnement.

Les défis scientifiques et techniques sont majeurs sur ces projets, en particularité sur les phases amont et ils font ainsi d’excellents candidats pour les mesures de l’Etat en faveur de la recherche. En particulier, le statut Jeune Entreprise Innovante, JEI, représente une aide importante pour alléger les coûts des premières phases de recherche des startups s’investissant dans des projets de biotechnologies, pour lesquels les salaires des chercheurs et ingénieurs hautement spécialisés, sont des postes de dépenses importants. Ce statut est un des premiers leviers à activer car il permet d’accéder à un allégement significatif des cotisations patronales pour ces jeunes structures.

Il peut être complété par le Crédit Impôt Recherche, CIR, qui permet de soutenir en partie les dépenses salariales, les dépenses de sous-traitance ou encore l’amortissement de machines. Ces postes d’investissements sont importants dans les projets de biotechnologies microbiennes puisqu’ils intègrent des partenariats de recherche externes, public ou privés ainsi qu’une composante industrielle parfois majeure. Le CIR apporte une aide financière spécifiquement aux projets visant le dépassement de connaissances scientifique ou techniques, et donc des phases de résolutions de verrous technologiques majeurs.

Lorsque le cœur des défis scientifiques commence à être maîtrisé et que les équipes de recherche s’approchent des dernières phases de prototypage ou d’études de pilotes industriels, il est possible de bénéficier du Crédit Impôt Innovation, CII lorsqu’on est une PME ou une startup. Ce crédit soutient les mêmes dépenses que le CIR mais en se focalisant sur les projets visant à surpasser les performances de produits concurrents, notamment sur le plan de l’éco-conception.

Par ailleurs, l’Etat soutient ces initiatives de recherche sous la forme de subventions ou d’avances remboursables, qui constituent des financements directs de projets dont les montants peuvent être conséquents, en particulier sur des appels à projet sur les thématiques stratégiques pour la France. Les porteurs de projets de recherche sur les bioprocédés microbiens peuvent ainsi candidater sur des financements octroyés par l’ADEME, par exemple, qui accompagne l’innovation avec des enjeux de développement durable.